基于微阵列核酸检测的设计来说，其中一项主要任务是确定平台和底物材料，例如聚合物微流控检测盒、微孔板、载玻片或薄膜。

在选择平台和底物材料时，通常会受固定化化学手段限制。大多数常规蛋白固定化策略仅依靠吸附固定实现，或采用羧基或环氧成分等对整个底物进行表面功能化。